＞小説を書いている者ですが、キャラクターに名前を付ける際に、商標の称呼として登録されているものは避けるべきでしょうか？なおその商標は社名のロゴで、称呼の一つが私が考えたキャラクター名と同一でした。

商標は、商品やサービスの識別標識ですので、キャラクターの名前は商標にあたりません。しかしながら、キャラクターの名前が商品やサービスの識別標識として機能しうる場合には商標となり得ます。ご相談頂いた内容から直ちに回答することは困難ですが、一般論として登録商標と同一ネーミングをキャラクター名として採択するのは控える方が無難であると思われます。